آزمایشگاه پایلوت ارشد و PhD واقع در بال شمالی دانشکده بهداشت از زیر مجموعه آزمایشگاه های گروه مهندسی بهداشت محیط دانشکده بهداشت دانشگاه علوم پزشکی اصفهان می باشد.
این آزمایشگاه در سال 1390 بطور کامل باز سازی شده و هم اکنون در اختیار دانشجویان ارشد و دکتری گروه مهندسی بهداشت محیط می باشد. در این آزمایشگاه تاکنون، بیش از 20 پایلوت مربوط به پایان نامه کارشناسی ارشد و 12 مربوط به پایان نامه دکتری اجرا شده است.