مجموعه آزمایشگاه های معتمد محیط زیست دانشگاه علوم پزشکی اصفهان در سال ۱۳۹۲ تاسیس شد.  این آزمایشگاه در سال ۱۳۹۳موفق به اخذ گواهینامه آزمایشگاه معتمد (کد: ۰۱۸۴-۹۰۰۹-۱۴) از سازمان حفاظت محیط زیست گردید. این آزمایشگاه مجهز به مجموعه‌ای از تجهیزات روزآمد آنالیز دستگاهی بوده و با در اختیار داشتن پرسنل متخصص و مجرب، آماده ارائه خدمات آزمایشگاهی و  پژوهشی به مراجعین، سازمان ها، صنایع، و سایر حوزه های مختلف استان می باشد.

پارامتر های مورد اندازه گیری توسط این آزمایشگاه شامل موارد زیر است:

الف) پارامترهاي فيزيكي و شيميايي آب و فاضلاب

هدايت الكتريكي (EC‏) pH، كل جامدات محلول (TDS)، كل جامدات معلق(TSS)، کدورت، نیترات، نیتریت، سختي كل، سختي كلسيم، سختي منيزيم، قلیائیت کل (کربنات ها و بیکربنات)، سدیم، پتاسیم، شوری، فنل، کلراید، سولفات، فسفات (ارتوفسفــات و پلی فسفات)، اکسیژن مورد نياز بيوشيميايي (BOD)، اكسيژن مورد نياز شيميايي (COD)

ب) پارامترهاي ميكروبي آب و فاضلاب

کلیفرم کل (TC)، کلیفرم مدفوعی (FC) و شمارش کل باکتری های هتروتروف ( HPC)